หากเอ่ยที่มาของชื่อ "สำนักขาม" ในอดีต เนื่องจากการเดินทางค้าขายระหว่างราษฎรในอำเภอสะเดากับราษฎรในประเทศมาเลเซีย เมื่อก่อนเป็นการเดินทางค้าขายโดยทางเท้า ซึ่งส่วนใหญ่จะเป็นการค้าขายวัว โดยการลากจูงจากอำเภอสะเดาไปประเทศมาเลเซีย และบริเวณบ้านสำนักขามปัจจุบันเมื่อสมัยก่อนมีการสร้างที่พักริมทางซึ่งเรียกกันว่า "สำนัก" สร้างไว้ใต้ต้นมะขามต้นใหญ่ ซึ่งผู้ค้าขายเดินทางแล้วจะพัก ณ ศาลาที่พักแห่งนี้ทั้งหมด และถือเป็นที่รวมกลุ่มของผู้เดินทาง และเป็นจุดนัดพบกันระหว่างผู้เดินทางจนเรียกกันติดปากว่า "สำนักขาม" จนต่อมาได้ตั้งชื่อเป็นทางการว่า "บ้านสำนักขาม" เป็นหมู่บ้านหนึ่งในตำบลสำนักแต้ว อำเภอสะเดา จังหวัดสงขลา
ต่อมาได้แยกตัวออกมาตั้งเป็นตำบลใหม่เมื่อปี พ.ศ. 2531โดยตั้งชื่อว่า "ตำบลสำนักขาม" มีทั้งหมด 7 หมู่บ้าน และตามมติที่ประชุมสภาตำบลได้ตั้งชื่อตำบลโดยกำหนดเอาพื้นที่ศูนย์พัฒนาตำบลตั้งอยู่ คือ บ้านสำนักขาม หมู่ที่ 1 ซึ่งเป็นที่รู้จักของบุคคลทั่วไป เป็นที่ตั้งที่ทำการสภาตำบลสำนักขาม และต่อมาได้ยกฐานะจากสภาตำบลสำนักขามเป็นองค์การบริหารส่วนตำบลสำนักขาม เมื่อวันที่ 3 เดือนมีนาคม พ.ศ. 2539 และได้ยกฐานะจากองค์การบริหารส่วนตำบลสำนักขามเป็นเทศบาลตำบลสำนักขาม เมื่อวันที่ 1 เดือนมีนาคม พ.ศ. 2549